Dramatyczny list od syna sprawia, że Tadeusz, który mieszka w Anglii od czasu klęski wrześniowej 1939 roku, wraca do kraju. Maciek opowiada mu o matce niepotrafiącej pogodzić się ze śmiercią Jędrka – młodszego syna, który zginął podczas okupacji w tajemniczych okolicznościach. Opowieści Maćka, ciągle żyjącego wojennymi wspomnieniami, są dla ojca niezrozumiałe. Tadeusz nie umie odnaleźć się w świecie niegdyś najbliższych mu ludzi...
Po „Rękopisie znalezionym w Saragossie” reżyser powrócił do formy i tematu zawsze mu bliskiego – subtelnej analizy psychologicznej. Niedocenione dzieło, polemizujące z legendą szkoły polskiej, dzięki swojej formie obrazowania – realizmowi przeplatanemu symbolicznymi wizjami – sprawia, iż „Szyfry” są jednym z najoryginalniejszych filmów polskiej kinematografii.